在其丰富的演艺生涯中，他曾成功塑造了众多令人印象深刻的角色，其中包括《十二国记》中的乍骁宗、《钢之炼金术师》里的马斯·休斯、《交响诗篇》的霍兰德、《蜡笔小新》的野原广志、《青之驱魔师》的藤本狮郎、《银魂》的服部全藏、《潮与虎》的苍月紫暮、《传颂之物虚伪的假面》的哈克以及《玉子市场》的北白川豆大等。这些生动的配音表演充分展现了其深厚的艺术功底与独特的角色诠释能力。然而，他的职业生涯也曾因健康问题而中断：2016年8月，藤原启治先生对外宣布，由于身体状况不佳，将暂时停止工作以安心休养。经过近一年的治疗与恢复，其所属的AIR AGENCY事务所于2017年6月16日正式发布消息，确认藤原启治已康复并重返工作岗位。遗憾的是，病魔并未远去，2020年4月12日，藤原启治先生最终因癌症不幸逝世，享年五十五岁，他的离世令无数观众与业界同仁深感惋惜与怀念。
2016年9月，知名声优藤原启治因健康状态不佳，暂时退出了其当时参与的多部电视动画的录音工作。对于其具体的病因，藤原启治所属的AIR AGENCY事务所当时并未对外界进行详细的公布。在此期间，他所负责的多个角色由其他声优代为出演，以下为当时部分已正式公开的代理声优名单。经过一段时间的休养与治疗，直至2017年6月16日，AIR AGENCY事务所通过其官方社交媒体账号发布推文，正式向公众宣布藤原启治已恢复健康，并将重返声优工作岗位。
秽翼的尤斯蒂娅 (基尔巴鲁特)Are You Alice 汝名艾丽斯 (睡鼠Dormouse)英雄传说VI空之轨迹（奈尔）头文字D (庄司慎吾)头文字D Special Stage头文字D Street Stage头文字D ARCADE STAGE4神业－KAMIWAZA－(蓝之助)公主协奏曲（巴恩海姆）蜡笔小新 オラとおもいでつくるゾ!蜡笔小新 最强家族カスカベキング うぃ?战国BASARA2英雄外传（松永久秀）战国BASARA3宴（松永久秀）keroro军曹（波尔森山）keroro军曹 メロメロバトルロイヤルkeroro军曹 メロメロバトルロイヤルZkeroro军曹 演习だヨ!全员集合パート2魔法老师(タカミチ·T·高畑)SD高达（リョウ·ルーツ、エレドア·マシス）幻想水浒传（ブランド）幻想水浒传（フェリド、キリィ、コルネリオ、ベゲン、ブランドの人形）王牌机师异世纪传说3（ホランド·ノヴァク）超级机器人大战（エレドア?マシス）王国之心2(Axel アクセル)王国之心2/358 DAYS（Axel アクセル）王国之心Birth By Sleep（Lea）王国之心Dream Drop Distans（Axel/Lea）拒绝命运:决意的力量（壬生一郎、M.I.B.）梦幻之星:携带版2（克劳奇·穆拉）白骑士物语（スカーダイン）bloody call （绪方 清三郎）鬼哭街2011重制版（斌伟信）最终幻想零式（Izana/イザナ）SD高达G世纪 世界（阿里·阿尔·萨谢斯）使命召唤：现代战争3（弗拉德米尔·马卡洛夫）魔导巧壳 ～暗の月女神は导国で咏う～（基兰多罗斯・瓦斯加纳）最终幻想7核心危机（雷诺）苍翼默示录：刻之幻影（睦月神乐）刺客信条：大革命（萨德侯爵）枪神斯托拉塔斯2（水影虎之丞）自由战争（卡洛斯·“狄奥托修斯”·真纳）传颂之物：虚伪的假面（哈克）XUCCESS HEAVEN REBELLION（室长）苍翼默示录：核心剧本（睦月神乐）传颂之物：二人的白皇奥修特尔（哈克）最终幻想15（亚丹·伊祖尼亚）仁王（岛左近）恶魔城：暗影之王（加百列·贝尔蒙特）最终幻想7重制版（雷诺）如龙0：誓约的场所（西谷誉）永远的7日之都（维尔特）
在众多风格各异的作品中，战律的斯特拉塔斯零由六车彦一呈现，而阿佐ヶ谷Zippy则出自庵原若菜之手。浅见光彦系列中的《天河伝说杀人事件》瀬田刑事一角令人印象深刻，同时，《甘利先生の华丽なセミナー》里中虫壁一的演绎也独具特色。危机之介御免中的平贺源内，以及Captain HOOK love's lock. 系列中的黄泉，都为各自的故事增添了丰富色彩。在《彩云国物语第二巻 黄金の约束》中，浪燕青的形象生动鲜明，而《纯爱特攻队长! 2》里的游佐法男同样展现出独特魅力。戦国武将物语～豪杰编 その弐～的第四话「山県昌景物语」描绘了历史人物的波澜生涯，东海道HISAME-阳炎- 系列中的八云则引领读者进入一段奇幻旅程。BEAST of EAST 异闻东方眩晕録由贺茂光栄执笔，FOOKIES 系列中的小日向刚，以及BRAVE10中的笕十蔵，均以各具特色的角色塑造吸引着读者。名作文学（笑）VS系列中的北风VS太阳篇章，旅人的角色设计巧妙融入经典寓言。LOVE MODE 系列的高宫，以及丸川くん家の猫たち中的大平秀介（该作品于2011年8月30日发售），都进一步丰富了作品的多样性。此外，Vassalord（亦译作《血咒圣痕》）中的雷夫罗，作为吸血鬼真祖，其深邃的背景与复杂的性格构成了故事的核心吸引力之一。
在2012年2月26日，《特命战队Go-Busters》中，这位配音演员为角色“チダニック”献声，该角色是特摄作品《特命战队Go-Busters》中Red-Buster的重要拍档。随后，在2017年8月5日，他再次参与了《快盗战队鲁邦连者 VS 警察战队巡逻连者 en film》的配音工作，此次饰演的角色是“头奖前锋”，进一步展现了其在声优领域的活跃表现与多样化的声音演绎能力。
他的嗓音兼具沉稳磁性与一丝不易察觉的轻佻，特别适合为成熟的中年男性角色注入灵魂。除了经典的大叔型角色，凭借其低沉而富有魅力的声线特质，他偶尔也会为一些美型男类的角色献声。在其职业生涯早期，于《蜡笔小新》中为小新之父野原广志的配音堪称代表作，他成功塑造了一位奔波劳碌却始终乐观、时常被儿子捉弄得啼笑皆非的普通父亲形象，这一演绎赢得了观众广泛的赞誉与共鸣，甚至让不少观众形成了“藤原启治即野原广志”的深刻印象。此后，他多次出演各类成年男性角色，在《棋魂》、《钢之炼金术师》以及《蜂蜜与四叶草》等作品中，即便只是配角，经由他出色的诠释也获得了极高的人气，其精湛纯熟的演技使他得以频繁参与日本周六晚六时黄金时段播出的热门动画。尽管他所配音的角色大多属于正面人物，但在《机动战士高达00》等动画里，他也同样成功地刻画了多个令人印象深刻的反派角色，展现了其戏路的宽广。除了动画配音工作，藤原启治在电台广播节目以及为海外影视剧进行日语配音的领域也表现得相当活跃，涉猎广泛。
为纪念并深切缅怀在经典动画《蜡笔小新》中长达二十四年间为“小新爸爸”野原广志献声的杰出配音演员藤原启治，CS朝日电视台特别策划并制作了一期追悼纪念节目。该节目于2020年5月10日中午12点30分正式播出，其核心主题定为“令人难忘的野原广志”，旨在通过回顾藤原启治先生极具代表性的声音演出，向这位已故的艺术家致以崇高的敬意。在节目编排上，电视台精心选取并连续播出了来自《蜡笔小新》系列的七集经典动画剧集以及一部广受好评的剧场版电影。这七集动画的具体篇目包括：第94话《悲惨的发薪日》、第688话《在幼稚园办义卖会哦》、第1062话《我的家没了》、第1020话《蜻蜓野原广志》、第145话《爸爸要出差》、特别番第14话《爸爸也在努力哦》以及第291话《跟爸爸玩飞行游戏》。同时，播出的剧场版电影则是2001年上映的《蜡笔小新：呼风唤雨！猛烈！大人帝国的反击》，该作品亦是藤原启治先生参与配音的重要代表作之一。通过这一系列充满回忆与情感的作品展播，节目成功地带领观众重温了野原广志这一角色的魅力，并以此形式完成了对藤原启治先生艺术生涯的深情追思与纪念。