王军辉在职业生涯中曾加盟武汉卓尔足球俱乐部，此前他在广州恒大效力期间留下了不少训练与比赛的记录。2015年，他凭借出色的表现入选了中超联赛最佳新人名单。在该赛季中，王军辉累计代表广州恒大队在中超联赛中出场11次，虽然未能取得进球，但其在场上的积极表现仍受到关注。2016年1月16日，石家庄永昌足球俱乐部正式宣布，从广州恒大租借引入球员王军辉。他也成为石家庄永昌在2016赛季开始前所引进的第四名内援，此前俱乐部已相继引入了崔鹏、李凯和邵璞亮等球员。同年7月18日，武汉卓尔职业足球俱乐部通过官方微博发布消息，确认广州恒大球员王军辉以租借形式正式加盟球队。2017年，王军辉租借期满后重新回归广州恒大淘宝足球俱乐部。 2018年4月9日，在中超预备队联赛广州恒大对阵山东鲁能的比赛中，发生了令人遗憾的一幕。比赛进行至第35分钟时，恒大球员王军辉与队友司徒华龙因一次球权处理问题产生争执，随后双方情绪失控，发生了互相殴打的冲突。这一突发事件导致比赛中断长达7分钟。当值主裁判牛明辉在与第四官员及比赛监督协商后，向王军辉出示红牌将其罚下，并向司徒华龙出示了黄牌。冲突结束后，司徒华龙被替换下场，在返回更衣室的途中流下了泪水。2021年，王军辉转会至内蒙古草上飞足球俱乐部继续其职业生涯。次年，他又加盟了丹东腾跃足球俱乐部，开启了职业生涯的新阶段。