王毓雅在日本留学期间积累了丰富的影视行业实践经验，曾先后任职于日本朝日电视台、好镜头国际广告公司担任制片，并在纬来电视网担任编导，同时兼任Channel外景导演等多项职务。1999年1月，她正式创立果昱影像制作公司，开启个人事业新阶段；同年，她执导了个人首部电影作品《蛋》，该片先后入选台北金马观摩展与夏威夷国际影展进行展映，由此她逐步在导演领域崭露头角，正式迈入职业导演的生涯轨道。2001年，王毓雅执导了由林心如、黄维德、吴辰君共同出演的爱情题材电影《海水正蓝》；同年，她还完成了另一部由吴辰君与黄少祺主演的爱情电影《双面情人》的执导工作。2003年，其执导的动作喜剧电影《中国功夫少女组》正式公映，该片汇集了陈坤、林依晨、袁咏仪等知名演员参与演出。2004年，她自编自导自演了爱情电影《飞跃情海》，这部影片凭借其艺术表现获得了第18届日本福冈亚洲电影节评审团大奖的肯定；同年，她执导的另一部爱情电影《浮生若梦》在中国台湾地区上映；此外，她还完成了由吴辰君、萧淑慎、杨谨华联袂主演的动作电影《终极西门》的拍摄工作。2005年，她转向惊悚悬疑类型，执导了由吴辰君、黄瑜娴、林佑威共同主演的电影《虎姑婆》。2006年，她再次回归爱情题材，执导了由林心如、唐宸禹、陈冠霖主演的爱情电影《江湖龙女》。2008年，她与田广树合作执导了爱情剧集《木兰花》，该剧由萧蔷、吴辰君、萧淑慎等演员共同出演。2013年，她执导了由钱柏渝、卢学睿主演的惊悚电影《追魂7杀》；同年8月23日，其执导的歌舞电影《舞力四射》在中国台湾正式上映。2016年5月21日，由她执导的犯罪题材电影《错乱的一代》在日本公开上映，该片由柳乐优弥担纲主演。2017年5月，她自编自导的青春爱情电影《以爱为名》在中国大陆上映，该片由黄恺杰、王奕瑾、范逸臣联合主演；同年9月，她执导的剧情电影《浅爱》上映，影片由王奕瑾与朱永菁共同主演；此外在同一年，她还执导了系列剧情电影《刺激人生：逆风》与《刺激人生：乘风》，进一步拓展了其作品序列。
王毓雅在持续致力于创作具有台湾本土特色的商业电影过程中，始终秉持着鲜明的个人风格。她通过自身独特的影像语言体系，以及其中所包含的深入女性视角与对自我价值的细致剖析，生动地呈现了当下台湾电影创作者对于当代女性命运的关注、对女性意识觉醒历程的描绘，以及对于觉醒后所面临的精神困境与迷茫状态的深刻自省与反思。这一系列创作实践，不仅凸显了导演别具一格的创作风格与叙事模式，更在艺术表达与市场接受之间找到了平衡，成功实现了女性意识主题与商业电影元素之间的有机融合与实质突破。她持续不懈地在电影影像的天地中挖掘、构筑并悉心浇灌属于自己的心灵花园，最终使这座花园中绽放出丰富多彩、各具特色且充满感染力的女性意识之花。在具体创作手法上，王毓雅擅长运用平实而质朴的影像语言、精心设计的人物角色关系、巧妙安排的情节推进方式，以及层层递进的激烈矛盾冲突，来承载并表现深刻的思想内涵，从而更为透彻地揭示人物内在的性格特质与外在的命运轨迹。