一九六七年秋季的某个夜晚，在我国西南地区某座城市的巷道内，一位身份特殊的人物由于转动手指的动作，意外开启了一段尘封十六年的隐秘往事。云南境内的芒草通过无线电广播频率接收到来自台湾方面的指示，市公安局耗费三日时间从繁多的档案材料中甄别出芒草的相关信息，由此获取了若干关键线索。医务室的孙耀德引起了公安机关的关注，他曾担任国民党军队的军医职务，近期虽未显现反动行为，却提出了调动至分厂工作的申请，而该分厂恰位于省军区驻地附近。
孙耀德的非常规举动使得省军区进入了公安部门的观察范围。军区干部子弟夏云(饶敏莉 饰)的舞蹈表演获得了广泛赞誉，成为文艺兵是她长久以来的理想。当她返回家中寻找户口簿时，意外发现了某些不应被看见的相片，以及那个充满谜团的蛤蜊盒。《苦难的历程》令夏云心潮起伏，这部书籍是其兄长夏天(黄维德 饰)历经周折才获取的禁书。孙耀德借此机会与夏天兄妹建立联系，军区方面截获了敌特电报内容，吴进命令芒草搜寻特定孩童并将其带离国境。孙耀德在接受讯问时，最初保持了沉默。
经过调查，孙耀德最终陈述了当年的事件经过。吴进在撤退前夕将临近分娩的姨太太托付给他照料，他证实该姨太太所生的婴儿由参谋长夏振中(赵岩松 饰)收养。军区政委为此与夏振中进行谈话，夏振中在回忆过往时，声称当年目睹那位姨太太与婴儿均已死亡，夏云因此被怀疑是那位姨太太的女儿。夏振中夫妇同时被组织约谈，两人曾立誓共同守护这个秘密，他们实际上也无法分辨哪个婴儿是亲生骨肉，始终坚持认定两个孩子皆为亲生。
孙耀德否认自己具有特务身份，他回忆负伤苏醒时已身处解放军医院，仅是偶然听闻某位国民党军官的姨太太收养了那个孩子，那位姨太太正是陈静雅。孙耀德隐约察觉夏云的容貌与陈静雅颇为相似。夏振中的配偶敏芝在战火纷飞之际诞下婴儿，陈静雅亦在同一时期生产，两名婴儿均由夏振中夫妇抚养成人。
那些陈旧的照片将夏振中的记忆牵引至多年以前，林成池当时就在事件发生的现场。这个深藏多年的秘密如同沉睡的河流，在特定时刻被悄然触动，逐渐显露出其复杂的脉络。各个相关人物的命运轨迹在此产生交集，过往的抉择与现实的调查相互交织，形成了一张难以轻易厘清的关系网络。每个当事人都在试图守护自己认知中的真相，而历史的面貌往往隐藏在多重叙述的缝隙之间。
公安机关对孙耀德的背景进行了更为深入的核查，发现其医疗档案中存在若干时间节点的空白。省军区内部同时展开了细致排查，重点梳理与台湾方面存在潜在联系的所有线索。夏天对妹妹夏云的身世产生了朦胧的疑虑，那些偶然瞥见的照片与父母讳莫如深的态度，在他心中投下了挥之不去的阴影。夏云本人则陷入矛盾情绪，既渴望追寻真相，又担忧可能颠覆现有的家庭关系。
陈静雅这个名字的出现，使得调查方向发生了微妙转变。相关方面开始寻找这位女性可能留下的历史痕迹，包括她在那个特殊时期的行动轨迹与社会关系。夏振中夫妇面对组织询问时，始终保持着高度一致的陈述，这种刻意的协调反而引起了更深入的关注。林成池作为当年的在场者，其证言将成为还原事实的关键环节，但寻找这位见证者的过程同样充满未知。
整个事件如同缓慢展开的画卷，逐渐显现出跨越时空的复杂关联。不同立场的人物在这个秋夜触发的连锁反应中，各自扮演着特定的角色。秘密的重量不仅在于其本身的内容，更在于它如何影响了几代人的人生选择与情感认同。调查仍在持续进行，每一个新发现的细节都可能改变对既有认知的判断，而真相往往隐藏在表象之下的深层脉络中。